Die Weiterbildung, die auch in der Allgemeinmedizin mit einem Facharztdiplom (der sogenannten Facharztanerkennung) endet, dauert je nach Fach zwischen 5 und 6 Jahren.

Die Weiterbildung erfolgt unter verantwortlicher Leitung der von der Ärztekammer befugten Ärzte in einem Universitätszentrum, einer Universitätsklinik oder in einer zugelassenen Einrichtung der ärztlichen Versorgung, hierzu zählt auch die Praxis eines niedergelassenen Arztes.

Der Arzt hat während seiner Zeit als Weiterbildungs-Assistent den in der Weiterbildungsordnung sowie in den Richtlinien über den Inhalt der Weiterbildung festgelegten Katalog zu erfüllen und kann sich anschließend bei seiner zuständigen Ärztekammer zu der Facharztprüfung anmelden. In einem mündlichen Fachgespräch entscheidet der Prüfungsausschuss in einer Besetzung von drei Ärzten, von denen zwei die Anerkennung für das zu prüfende Gebiet besitzen müssen, über den erfolgreichen Abschluss der Weiterbildung (z.B. zum Facharzt).

Die Weiterbildung zum Facharzt und in Subspezialitäten ist grundsätzlich ganztägig und in hauptberuflicher Stellung durchzuführen. Dies gilt auch für Zusatz-Weiterbildungen.